Posle atentata na tadašnjeg premijera Srbije, Vlada je istog dana proglasila vanredno stanje, a ubrzo je pokrenuta policijska akcija „Sablja“, tokom koje je uhapšeno više od 11.000 osoba. Kao neposredni izvršioci ubistva označeni su pripadnici zemunskog kriminalnog klana i deo nekadašnje Jedinice za specijalne operacije.
Za atentat su na po 40 godina zatvora osuđeni bivši komandant JSO Milorad Ulemek Legija i njegov zamenik Zvezdan Jovanović, dok su ostali optuženi u tom procesu osuđeni na ukupno 378 godina zatvora.
Optužnica protiv 44 osobe podignuta je u avgustu 2003. godine, a suđenje je počelo krajem iste godine pred tadašnjim Okružnim sudom u Beogradu. Presuda je izrečena 2007. godine.
Iako su izvršioci i organizatori osuđeni, politička pozadina atentata nikada nije do kraja rasvetljena. Tokom godina ostalo je otvoreno pitanje ko su bili nalogodavci ubistva i da li je iza atentata stajala šira političko-bezbednosna struktura.
Ubistvu je prethodio period dubokih političkih sukoba, reformi i sukoba države sa organizovanim kriminalom. Vlada Zorana Đinđića pokrenula je obračun sa kriminalnim grupama, reformu bezbednosnog sektora i osnivanje Specijalnog tužilaštva za organizovani kriminal.
Jedan od ključnih ljudi u istrazi atentata bio je policijski pukovnik Mile Novaković, koji je godinama ukazivao da su motivi atentata povezani sa strahom kriminalnih struktura od obračuna države sa organizovanim kriminalom.
Đinđić je ostao upamćen kao prvi premijer Srbije posle političkih promena 2000. godine i jedan od ključnih aktera reformskog perioda u zemlji.
